Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya Yogyakarta juga bekerja sama dengan berbagai organisasi, perusahaan, rumah sakit, dan universitas dalam maupun luar negri. Hal ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa/i Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya Yogyakarta untuk mendapatkan lebih banyak pengetahuan dan kemampuan praktik, melalui seminar, workshop, kuliah umum, kuliah lapangan, hingga kerja praktik. Berikut merupakan jejaring kerjasama Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya Yogyakarta
| BP2TOOT |
| Badan Pengendalian Lingkungan Privonsi DIY |
| CV. Kaligawan Pupuk Organik |
| Dinas Kehutanan DIY |
| Dinas Perikanan dan Kelautan |
| Dirjen Konservasi Sumber Daya Alam & Ekosistem |
| Keluarga Indonesia Vegetarian Society (IVS) Yogyakarta |
| Kasetsart University |
| Perhimpunan Anggrek Indonesia DIY |
| Pusat Penyelamatan Satwa Yogyakarta (PPSJ) |
| Pusak Teknologi Limbah (Pusteklim) |
| Rumah Budaya Martha Tilaar |
| Rumah Sakit Panti Rapih |
| SIEN Consultant |
| SMA Van Lith Muntilan |
| SMAN 7 Yogyakarta |
| Yayasan Kutilang Indonesia |
| Kementrian Lingkungan Hidup dan Kehutanan RI |
| Balai Taman Nasional Gunung Merapi |
| PT. Gondowangi Tradisional Kosmetika |
| PT. Capung Indah Abadi |