Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya Yogyakarta bekerjasama dengan berbagai organisasi, perusahaan, rumah sakit, dan universitas dalam maupun luar negeri:

1. PT Lautan Natural Krimerindo
2. PT Kalbe Milko
3. International Flavour & Fragrances (IFF)
4. Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN)
5. Saint Louis University,Philipine
6. Providence University, Taiwan